多因主管引流不畅，或外口闭合，再次形成脓肿时脓液向周围其他部位扩散，穿透皮肤和黏膜形成空腔和盲管。如屡次复发，可形成多个支管或盲管。它的存在提示肛瘘始属单纯性，但因主管弯曲，腔内感染物质引流不畅、阻塞、重新感染，形成新的支管，使肛瘘复杂化。多个支管潜行汇合成一主管，开口于皮肤，增加手术难度，这亦是为何瘘管需多次手术却难以根治的因素之一。
瘘管腔内为感染性分泌物（即脓液、坏死组织、血性分泌物或干酪样物质等）。瘘管壁主要是增生的纤维组织，管内壁为非特异性炎性肉芽组织构成，外部包绕着大量的纤维组织。
外口系肛周脓肿后遗所致，是瘘管通向肛周皮肤的开口，多位于肛管周围皮肤。它距肛缘的距离、数目、形态及大小等情况有差异。
男性发病率明显高于女性（男女发病率之比为5：1）。
肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗症，因此，一般有肛管直肠周围感染或脓肿病史。初期症状由引起脓肿的原因的不同而有不同的特点，但多数都存在怕冷发热，肛门周围发红、肿胀、跳痛，食欲差，大便秘结，坐卧不宁等。
不断排出脓血性分泌物是肛瘘最常见的症状。排出脓性分泌物的多少是根据瘘管形成的时间、瘘管的长短以及内口大小不同而异。
若瘘管引流通畅，肛瘘平时一般不疼痛，仅感觉在外口部位发胀不适，行走时加重。如脓液存积于管腔内引流不畅时，则局部胀痛，并有明显压痛，脓肿穿破或切开引流后，症状缓解。上述症状的反复发作是瘘管的临床特点。若内口较大，粪便进入瘘管，则有疼痛，排便时疼痛加重。单口内瘘常见直肠下部和肛门部灼热不适，排便时感觉疼痛。
肛缘索条状硬块，常为患者的主诉之一。炎症急性发作时，外口若封闭，引流不畅则肿块增大。
