肛腺开口于肛窦，肛窦的开口又向上呈漏斗状，发生腹泻时，粪便擦伤肛瓣也可引起肛窦炎，肛腺继发感染，特别是肛腺囊肿更易因阻塞而感染。

中央间隙感染（central space infection）：中央间隙感染学说认为肛周脓肿和肛瘘形成的第一阶段是在中央间隙先形成脓肿，然后沿纤维隔蔓延，向下至皮下间隙形成皮下脓肿，向内形成瘘管入肛管，向外至坐骨直肠窝形成坐骨直肠窝脓肿，向上经括约肌间隙形成括约肌间脓肿，再沿此间隙向上可达骨盆直肠间隙，形成骨盆直肠脓肿。

机械性损伤，如枪弹贯通伤、刀伤、骑跨伤、坠落贯通伤等；II.肠道异物损伤，如异物吞入嵌顿入肠壁及肛管所致的局部感染、肛门镜检查等；III.食物刺激，摄入大量刺激性食物而损伤肠壁等。

I.痔结扎术；II.肛裂切缝术；III.激光或冷冻术；IV.痔核冷冻术；V.各种吻合口炎症感染，如直肠癌、先天性巨结肠术后形成吻合口瘘；VI.会阴部的手术，例如内痔注射过深或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，均可波及肛门直肠引起脓肿及瘘，肛管疾病手术后可能形成慢性感染灶，在内括约肌切断或闭合性痔手术后可能形成肛瘘。

肛裂是临床上的常见病，反复发生感染的肛裂可以合并皮下瘘，但是肛裂合并的肛瘘一般位于前后正中，不涉及肌肉，比较表浅，容易处理；II.痔一般不会继发肛瘘，但是血栓性痔溃烂感染后可形成皮下或黏膜下瘘管。

肛门周围皮肤的疾患，如化脓性汗腺炎、毛囊炎、皮脂腺囊肿合并感染等，均可引起肛瘘。

如骶骨结核、骨髓炎、骶前囊肿感染切开排脓或破溃后后形成肛瘘。