若瘘管引流通畅，肛瘘平时一般不疼痛，仅感觉在外口部位发胀不适，行走时加重。如脓液存积于管腔内引流不畅时，则局部胀痛，并有明显压痛，脓肿穿破或切开引流后，症状缓解。上述症状的反复发作是瘘管的临床特点。若内口较大，粪便进入瘘管，则有疼痛，排便时疼痛加重。单口内瘘常见直肠下部和肛门部灼热不适，排便时感觉疼痛。