如骶骨结核、骨髓炎、骶前囊肿感染切开排脓或破溃后后形成肛瘘。

糖尿病、白血病、再生障碍性贫血等病，因机体抵抗能力降低，常由血行感染形成肛瘘。

典型的克罗恩病的肛周表现包括复发性肛周脓肿肛瘘、皮肤增生突起、肛管溃疡及狭窄。肛瘘常开口于肛周的皮肤，多有数个高位盲瘘和在肛管直肠环以上的瘘管。克罗恩病肛瘘在克罗恩病直肠侵犯中较为常见；溃疡性结肠炎的患者可以并发肛门周围疾病，如肛瘘、肛裂、肛周脓肿等。

如特殊感染（梅毒、艾滋病等）、结核杆菌感染、放射菌感染、直肠癌、多发性直肠息肉、淋巴肉芽肿等感染引起的肛瘘。

肛瘘的发生与肛腺的先天性发育有关，即先天性因素是肛痰发生的诱因。先天性肛瘘可能继发于胚胎的残余组织，在出生后就可以有临床表现，甚至流出脑脊液。

临床上发现小儿肛瘘的发病特点

Takatsuki提出，雄激素分泌过量可能与男性好发肛瘘有关。据临床资料统计，肛瘘以青壮年（20～40岁）最多，儿童及老年人极少。新生儿肛瘘多在1岁以前发病，主要原因是与新生儿母体雄性激素和新生儿副肾雄激素较强有关。