多因主管引流不畅，或外口闭合，再次形成脓肿时脓液向周围其他部位扩散，穿透皮肤和黏膜形成空腔和盲管。如屡次复发，可形成多个支管或盲管。它的存在提示肛瘘始属单纯性，但因主管弯曲，腔内感染物质引流不畅、阻塞、重新感染，形成新的支管，使肛瘘复杂化。多个支管潜行汇合成一主管，开口于皮肤，增加手术难度，这亦是为何瘘管需多次手术却难以根治的因素之一。