将示指循瘘管走向伸入肛门触摸内口，如在齿线触到硬结或凹陷，应疑是内口。初步确定内口后，再从内口向直肠黏膜触摸，按压管道观察是否有脓液从外口流出。如直肠壁附近有分支瘘管，应检查其长短和部位。肛门触诊还应检查括约肌的松弛及功能并注意内口与肛管括约肌的关系。

即一手示指伸入直肠，另一手四指置于下腹部或阴道，亦可用一手拇示指进行双合诊。此法对于确定瘘管走形及与括约肌、内口的关系有一定的优势，并可提高深部管道的诊出率。

探针检查不仅能够帮助医者确定内口的准确或大致位置，同时对帮助判断瘘管的走向、长短、深浅、与肛门括约肌的关系均有重要意义。探针检查多与肛门直肠指检合用，术中若探针进入受阻，可能是方向不对，可调试后再进入。动作应尽可能轻柔，切忌强行探查，以尽量避免造成人为假道或人工内口。

探针可分为棒状探针和有槽探针两大类。棒状探针的两端有的呈球状，有的为圆形，有的则一端略粗，有的探针体上镌有刻度，其制作材料有银质、铜质和合金等不同。棒状探针既可用于检查，也可用于治疗。有槽探针一般为直形，也有镰形者，两种多用于治疗。南京市中医院、全国中医肛肠专科医疗中心临床使用的是棒状银质探针。

肛道，触于内口探针检查时，将戴有指套的示指蘸润滑油伸Y处，一般用粗细合适的探针，将其弯成一定的弧度，从瘘外口伸人瘗管，缓慢探入，多数探针可在齿线处的内口穿出。

由于检查时的要求不同，临床上常用的肛门镜有筒式、喇叭式、二叶式或三叶式数种，还有自带光源的肛门镜。

一般采取膝胸位，但对年老或下肢活动不便者则采用左侧卧位。