不断排出脓血性分泌物是肛瘘最常见的症状。排出脓性分泌物的多少是根据瘘管形成的时间、瘘管的长短以及内口大小不同而异。新生成的瘘管排出的分泌物较多，脓液黏稠，黄色，色臭，用力排便时，有时可有气体甚至是粪便从外口排出。时间久的肛瘘，分泌物较少，或时有时无，分泌物白色，稀淡如水。如忽然脓液增多，表示有新生血管生成。有时瘘管暂时封闭，不排脓液，可出现局部肿痛，体温上升，以后封闭之瘘口破溃，又排出脓性分泌物。如此反复，将延长病程，加重病变。内外瘘有时由外口流出气体和粪便，单口内瘘脓液与血混合，常由肛门流出，有时在粪便表面可见几条血丝。全“内瘘”脓性分泌物较少，粪便常混有脓血。瘘管与膀胱、尿道、子宫、阴道相通时，都有其特殊表现。例如直肠膀胱瘘时，有部分尿液从肛门外流。如果属于结核性肛瘘，脓液多而清晰，色淡黄。