无外口的内盲瘘；瘘管壁到达内口时模糊不清；内口与管道成角，不能直接找到内口；内口附近有坏死腔，从外口找内口的途径终止；早期脓肿脓液从隐窝处流出者；肛裂感染后形成的皮下盲瘘；梳状结；探查感染的隐窝。

以二叶式肛镜扩开肛门，先取钩短者（约0.5cm）钩探所窥见的明显病变区，再沿齿线慢慢检查。如遇内口则一钩即入，必要时可取钩长者（约1cm）予以鉴别。如为隐窝，仅可钩入一定长度；如为内口，常可顺利吞没全钩，且钩得的方向与肛外触得的瘘管方向一致。低位肛瘘再以探针自外口插入，二者相遇时即有碰触之感。

将染色剂从肛瘘外口注入瘘管，以使瘘管管壁着色，显示内口位置，确定瘘管范围、走行、形态和数量。临床上常用的染色剂为2％的亚甲蓝、2％的亚甲蓝与1％过氧化氢混合液、甲紫药液等。具体检查方法如下：①纱卷填塞：取肛镜涂润滑剂插入肛道，抽取镜芯，再把卷好的纱卷放入肛内，或用二叶肛镜扩开肛门，将纱卷放入，然后取出肛镜，使纱卷留于肛内。

还有人主张在瘘管冲洗干净后将牙科用的甲基丙烯酸树脂粉末和液体按1：1比例混合成药液注入瘘管内，一般常温下3～5分钟后药液变硬，可以摸到或看到，便于手术时寻找、清除瘘管和内口。

对复杂性肛瘘反复多次手术者，病因不明，瘘管走行分支或内口位置不清者，可疑为骶前囊肿、畸胎瘤、骨结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎、骨盆性骨髓炎等并发的肛瘘，可做X线检查。

可以确定胸部有无炎症、结核病变、胸水积液、癌症转移等，作为肛肠病治疗的参考依据。

对观察肠梗阻、巨结肠、肠气囊肿、胃肠道穿孔、肾结石、胆结石以及其他腹部疾病的钙化等很有帮助。在不明原因的腹部胀痛时可先行此项检查。