肛瘘常常合并内外痔核、肛乳头肥大、肛裂等疾病，有时病变较大并出现症状。按目前的技术，可以在肛瘘手术时同时根治这些疾病。如残留这些合并病变的话，可能影响术后的恢复，甚至导致复发。因此，对大的伴随病变要行一期根治术，个别情况下也有行二期手术的。
肛周脓肿和肛瘘有时为全身性疾病的并发症。全身性疾病以炎症性肠病（克罗恩病、溃疡性结肠炎）等为代表。
直肠穿孔主要发生于高位肌间瘘（IIH）和骨盆直肠窝瘘（IV）时。对于IH型瘘，只要彻底处理内口和原发脓肿的部分，其余的病变（如末梢瘘管或穿孔部）即使不做处理也能使其获愈，无须特地采取控制排便和中心静脉营养等措施。
病史达10年或20年以上的、长期不做治疗的肛瘘，有时会发生癌变，尤其是在III型、IV型的深部肛瘘。肛瘘癌变的表现为：长期存在的深部复杂肛瘘，有胶体样的分泌物从外口或者内口中流出，术中在瘘管内有胶体样物潴留。遇到这种病例时，术中切开瘘管后，要取几处组织做病理切片检查。如为恶性，就施行Miles术。如为发展不很快的浸润性进展癌，则多伴有疼痛。
肛瘘的复发表现为术后2个月以后仍然有脓液从引流创面即原来的外口和原发脓肿部流出。复发的形式表现为发炎然后形成脓肿，最后形成肛瘘。在内口至原发脓肿的病灶已完全去除的情况下，引流不通畅时也会导致肛瘘的复发。
肛管静息压（anal spHincter resting pressure，ASRP）：为受检者在安静侧卧状态下测得的肛缘上1～2cm肛管压力的最大值。
肛管高压带（high pressure zone，HPZ）：将测压导管插入肛门10cm，然后将导管匀速拖出（1cm／s），记录仪将描记一条山峰样曲线，然后嘱患者模拟排便、收缩动作，并测量这两种情况下肛管功能长度。
肛管最大收缩压（maximal squeeze pressure，MSP）：受检者用力收缩肛门时测得的最大肛管压力，主要由肛管外括约肌和耻骨直肠肌收缩产生，是维持肛门自制功能，尤其是应激状态下肛门自制的主要因素。
