内口多位于齿状线上的肛窦处，肌间瘘（隅越II型）、坐骨肛门窝瘘（隅越III型）、骨盆直肠窝瘘（隅越IV型）内口多位于肛门后方，也有在侧方和前方者。根据外口的位置可以大致推测内口的方向，但未必都准确。内口表现为在齿状线部与瘘管相连的小硬结，可以在指诊时扪及，在肛门镜检查时可见到该处呈小的凹陷，用隐窝钩探查可以明确定位。

肛瘘切开开放术式后也有复发的，主要原因是内口部未切开或切除不干净（残存原发瘘管的上皮）。保留括约肌术式剜除内口处瘘管时，有时同样也会导致部分瘘管残留。主是因为从外而开始剥离的瘘管在中途断裂。因而剥离瘘管时要小心，技术要熟练。

当内口周围的组织有硬结、炎症、缺损时，切除内口后，常形成较大的切除孔，或者因组织不够柔软，术后该处切除孔不能闭合，创面愈合迟缓，可导致复发。

细菌从内口经原发瘘管侵入到内、外括约肌间形成原发脓肿，再由此上下蔓延形成继发性瘘管。因而发现和彻底处理原发脓肿和原发瘘管是根治肛瘘的第二个重要条件。原发脓肿处理中存在一定的难度，原发脓肿处理不当是肛瘘最常见的复发原因，所以必须合理而彻底地处理好原发脓肿。

予以切除或充分搔刮后开放，做成引流创面引流。山本尝试了仅切除内口、残存原发脓肿的方法，但术后复发率高。

除了皮下瘘（IL）以外，大部分肛瘘都起源于括约肌间，手术中处理瘘管时会涉及括约肌的处理问题。随意切断括约肌是造成肛门失禁的原因，但忌讳括约肌的切断，也会导致肛瘘不能根治，创面愈合延迟。

括约肌不允许切开的范围是：①内括约肌的全长；②外括约肌浅部3处以上；③外括约肌深部（除了肛门后方）；④肛提肌（所有地方）。