瘘管越深，术后复发率也随之增加。由此可知，瘘管越深，也就越难治。因为瘘管越深，瘘管就越大、越复杂、越难彻底处理，引流越难奏效。原发瘘管越向深的方向发展，就越难彻底切除，瘘管周围的硬结、炎症等变化也较为显著。同时原发脓肿又深又大，炎症严重，与周围组织粘连重，因而难以显露，难以得到彻底处理。

  手术时，大多先从肛门后方的内口开始寻找向深部发展的原发瘘管。处理原发脓肿时，皿型从内、外括约肌间，IV型从外括约肌外进入到原发脓肿处（分离时注意不要损伤周围的括约肌），将原发脓肿与周围括约肌相分离后切除。从原发脓肿向外的继发瘘管的主要部分予以切除或切开，创面开放引流。缝合肛管内的内口部缺损。切除原发脓肿后的组织缺损大时用肌肉瓣充填。