理论上，内口至原发脓肿间的部分是与肛瘘发生相关的基本病灶，在彻底将其处理后就能防止肛瘘的复发，其外方的继发性瘘管即使残留，也能逐渐闭合消失。但实际情况是，有时因继发瘘管或末梢瘘管处理不彻底会导致肛瘘的复发或部分复发。因此，当继发瘘管复杂、大、深、内容物污浊、周围组织的炎症浸润严重时，必须彻底地切除继发瘘管。如果为复杂瘘管可只切除或切开其基本的部分，将切除或切开的创面开放引流，创面太大时则予以部分缝合。

肛管内的创面常为大便、黏液、渗出液污染，因周围括约肌的作用肛管常呈闭合状态。创面引流不畅，会影响创面的愈合。为此，需要将肛内创面向外延长，以利上述创面内的污物流出到肛门外。

低位肌间瘘（IIL）如瘘管在肛外延伸较长，只要切开瘘管，引流创面的长度就够了。

肛门节制功能不仅与括约肌有关，也与肛管内的软组织密切相关。如肛管内面的软组织缺损，有时不管括约肌保留的如何好，也会导致肛门失禁。特别是女性，因为前方的括约肌薄弱，容易因切开括约肌导致肛门失禁。所以手术中要尽可能地多保留一些肛管内的软组织。

瘘管越深，术后复发率也随之增加。由此可知，瘘管越深，也就越难治。因为瘘管越深，瘘管就越大、越复杂、越难彻底处理，引流越难奏效。原发瘘管越向深的方向发展，就越难彻底切除，瘘管周围的硬结、炎症等变化也较为显著。同时原发脓肿又深又大，炎症严重，与周围组织粘连重，因而难以显露，难以得到彻底处理。

复杂性肛瘘可分为四种情况：①一种类型的肛瘘有分支，走向复杂。②几种类型的肛瘘并存而共有1个内口。③在其他部位有肛瘘存在。④肛瘘的范围较广。

在肛瘘反复发作、病程长、已做过多次手术、位置深在等情况下，肛瘘的各部分包括内口、原发脓肿、继发性瘘管的瘢痕化都很严重。此时，如做切除，创面增大，内口难以闭合，是其难点所在。加上组织不够柔软，切除内口至原发脓肿部后缺损孔较大，导致肛门上皮或括约肌的缺损。术中的对策是，在切除病变部时尽可能防止组织的损伤以减少缺损，并用取自周围的肌肉瓣转移充填。