肛瘘的外口在肛门周围或臀部的任何部位，它是皮肤上的小凹陷或是小隆起，中央有过度生长的肉芽外翻，外口周围皮肤常因受到刺激有颜色改变和脱皮。病期长、瘢痕大的管道，在肛门周围及臀部皮下可触及索条状改变，有的则不清楚。

如脓汁稠厚而多，表明有急性炎症；血性分泌物，表明脓肿破溃不久。脓水清稀或呈米泔水样分泌物，伴有瘘口凹陷，可能有结核杆菌感染；脓液色黄而臭，多属大肠杆菌感染；混有绿色脓汁，表示有绿脓杆菌混合感染；分泌物黏白如胶冻样，或呈咖啡样血性分泌物，可能有恶性改变。

新生瘘管，外口常无增生结节；时间久后外口可有肉芽组织的突起，或纤维化的结节；一般炎症性外口有结节形成，结核性瘘口出现不规则的凹陷。

复杂性肛瘘尤其是结核性者，外口周围常有褐色圆晕。如管道区皮肤呈现弥漫的暗褐色，或变化的皮色间有正常皮色，具有明显或暗淡的褐色圆晕时，其皮下常有空腔，腔隙可为单个或几个，呈蜂窝样。

触诊对肛瘘的诊断至关重要，肛瘘的走行、深浅、内口的部位以及管道与括约肌的关系均靠指诊获得。根据局部视诊的发现进行触摸，注意局部组织有无不对称的热度增高。若局部温度上升，表示深部有炎症的存在。

从外口开始向肛缘检查，轻摸可触到明显条索状瘘管，说明瘘管较浅；重压才能感到条索状物或不甚明显，表明瘘管较深。如瘘管走向弯曲，内外口不在对应部位，是弯曲瘘；索条较直，内外口在相对部位，为直瘘。

将示指循瘘管走向伸入肛门触摸内口，如在齿线触到硬结或凹陷，应疑是内口。初步确定内口后，再从内口向直肠黏膜触摸，按压管道观察是否有脓液从外口流出。如直肠壁附近有分支瘘管，应检查其长短和部位。肛门触诊还应检查括约肌的松弛及功能并注意内口与肛管括约肌的关系。