皮源性感染：肛门周围皮肤的疾患，如化脓性汗腺炎、毛囊炎、皮脂腺囊肿合并感染等，均可引起肛瘘。人体解剖学上，凡眼裂、口、鼻、尿道及肛门等开口部位附近，脂腺组织非常发达，除了有毛囊的脂腺外，还有一部分是无毛囊脂腺。无毛囊脂腺多集中发生在人类内外胚层的分界线处及其移行区，如肛管齿线区的肛腺即其中的一种。除肛腺外还有许多类型的脂腺以及胚胎上皮残留的囊状物，如Bartholdy小管生肛瘘，极易与真正的肛腺感染相混淆。此外，尿道、阴道及前列腺周Meised憩室、pHysik小囊等。这些脂腺和小囊有时也与肛隐窝相连，一旦感染会发围腺体与肛门围腺体同一胚胎来源，一旦这些腺体感染，也会引起肛周腺炎性反应。