肛瘘一般无全身性症状。复杂而病程较长的肛瘘，常伴有排便困难、贫血、身体消瘦、精神不振等症状；继发感染者，有不同程度的发热、寒战、乏力等全身性感染症状。如为结核性肛瘘，可有低热、盗汗等症状。如为炎症性肠病引起的肛瘘，可伴发腹痛、腹泻、发热等症状。