与肛周脓肿术前检查基本相同，可参考肛周脓肿术前检查及准备。

术后可根据个人情况选择镇痛泵或其他止痛药，一般可有效缓解术后疼痛，不必过于恐惧。

手术伤口完全愈合所需时间和手术切口深度、大小、个人体质、营养状况、是否合并其他疾病等因素相关，一般愈合时间在1～2个月。

低位肛瘘手术不损伤肛门括约肌，高位肛瘘采用挂线引流术，保留括约肌功能，由专业医生规范操作一般不会造成肛门失禁。

肛瘘手术与肛周脓肿手术方式类似。瘢痕体质患者手术后有可能形成瘢痕疙瘩造成肛门狭窄，一般患者做肛瘘手术不会造成肛门狭窄。术后常规复查可提前发现肛门术后狭窄。

手术后一般需要住院5～7天，经复查血常规正常、伤口渗液明显减少，创面引流通畅、无明显出血，无其他不适后即可出院，但出院后仍须定期复诊及换药。

抗生素抗感染治疗，中药熏洗清洁止痛，伤口换药使引流通畅，如有挂线可考虑给予止痛药；合并其他疾病者需同时治疗基础疾病，如克罗恩病、溃疡性结肠炎等。