肛瘘反复可能是合并其他疾病、手术、术后换药护理不当、体质、饮食作息等单个或多个因素导致的。

需要根据患者具体情况而定，低位复杂性肛瘘多数可以治愈，高位复杂性肛瘘治愈率稍低，伴有其他导致肛瘘疾病者治愈率进一步降低。

肛周反复流脓肿痛不是肛瘘的独特临床表现，其他疾病也可能出现这些症状，如骶尾部畸胎瘤感染瘘、骶尾部骨结核、肛门周围毛囊炎和疖肿等。

诊断肛瘘主要通过临床症状、专科检查、辅助检查（血常规、肛周或直肠腔内超声、核磁等）确诊，但需与化脓性汗腺炎、骶尾部畸胎瘤瘘、晚期肛管直肠癌、肛门周围毛囊炎和疖肿鉴别。

肛瘘急性炎症期宜及早手术，慢性肛瘘多数可选择择期手术，但一般不宜拖延太久；少数肛瘘合并其他疾病需要综合评估是否选择手术治疗。

肛瘘急性炎症期可有全身感染症状，可能发展为败血症、脓毒血症，进而危及生命。慢性肛瘘迁延不愈，病变部位长时间接受炎症刺激会有癌变可能，因此肛瘘应尽早治疗。

虽然肛瘘多数由肛周脓肿未愈发展而致，但并不意味着肛瘘比肛周脓肿更严重，肛瘘非活动期临床症状反而较轻。