肛周脓肿和肛瘘的治疗是否成功很大程度上取决于直肠情况。如直肠没有炎症或者CD活动减轻，治愈机会较高。对于直肠内病变严重的复杂瘘、肛门失禁及肛门明显狭窄等，在药物治疗和局部处理失败后，应及时行直肠切除术或结直肠切除术、永久性结肠造口或小肠造口，以解除病人的痛苦，提高病人的生活质量。括约肌间直肠切除术可以减小术后遗留伤口，降低伤口不愈合的风险。如果无活动的肛周脓肿，并且病人全身状况良好，可施行一期切除。否则，可先施行次全结肠切除术和回肠末端造口术，在肛周脓肿缓解且病人全身状况得到改善后再施行直肠切除术。临时性造口并不能改善肛周克罗恩病病人的最终预后，仅有不到25%的病人能够还纳造口，大部分成功还纳造口的病人也需要再次行肛门部手术。