术后开始每日肛门坐浴，控制腹泻。每2至3周随访一次，直至完全治愈或急性病程缓解，之后每3-6个月随访一次。感染是瘘管切开术最常见的术后并发症。早期随访和及时治疗能避免严重感染。引流挂线极少引起并发症，术后可能会出现肛门失禁或者肛周病变加重，但这更可能是CD的自然病程而非手术所致。直肠前移瓣病人应在术后第10至14天复诊以检查修复愈合的情况，如愈合情况良好，可拔除引流管。术后应继续克罗恩病的药物治疗至少3-4个月。直肠前移瓣病人，感染同样是最常见的并发症，如果不能及时发现和治疗，可导致皮瓣裂开。如皮瓣因血肿而隆起，可发生皮瓣坏死。