CD直肠阴道瘘可累及阴道的任何位置，大小不一，直径可在5-25mm之间。大部分直肠阴道瘘为经括约肌瘘，常常起源于齿状线前部。直肠阴道瘘治疗棘手，对生物制剂反应差。手术治疗一般只能在没有结直肠活动性炎症的情况下进行。与其他部位的CD瘘管不同的是，CD直肠阴道瘘一般不采用瘘管切除术，切除肛管前方的瘘管很有可能损伤括约肌。可采用一期修补、经肛直肠（高压侧）前移瓣、袖状前移瓣以及经阴道（低压侧）前移瓣。非切割挂线可能增大缺损面积，加重症状，因此除非有合并阴道直肠膈脓肿或炎性包块，否则也不宜使用。一般来说，一期修补与前移瓣对于CD直肠阴道瘘的治愈率达50%~100%。对于合并直肠炎症的病人，可考虑使用肛门皮瓣修补术。