在瘘管得到充分引流后，且直肠炎症活动静止，可采用经肛门直肠前移瓣修补术以关闭肛瘘内口。直肠前移瓣修补闭合瘘管内口只能应用于直肠没有或仅有极轻病变并且肛门症状难以缓解的病人。对于高位复杂性肛瘘不合并直肠炎者，可行直肠前移黏膜瓣，三分之一可达到完全愈合。

采用折刀位（如果内口在前面）或者截石位（如果开内在后面）。从瘘管内口开始向头侧延伸分离起一片4-5cm较厚、宽基的U型皮瓣。皮瓣包括黏膜层、黏膜下层、内括约肌肌纤维、直肠壁的肌层。用1:200000的肾上腺素浸润可以维持止血，将生理盐水注入黏膜下和直肠壁以增加瓣膜的厚度并且有利于剥离，使用电刀可靠止血。然后搔刮瘘管，并且用2-0或3-0的可吸收缝线分层缝合。将一蘑菇头引流管从外口插入以保证充分引流。接着对皮瓣远端进行修剪，抬起皮瓣，经被修补的缺口向下拉，并用2-0可吸收线缝合。在剥离的过程中，坚持严格的止血和早期将病人转至手术室引流任何可疑的感染可以大大减少皮瓣坏死的发生率。如伴有直肠溃疡或狭窄，可采用袖状直肠黏膜瓣前移加临时造口。