1、流脓，流脓是肛瘘的主要症状，脓液多少与瘘管长短，多少有关。新生瘘管流脓较多，分泌物刺激皮肤而瘙痒不适，当外口阻塞或假性愈合，瘘管内脓液积存，局部肿胀疼痛，甚至发热，以后封闭的瘘口破溃，症状方始消失。较大的高位肛瘘，因瘘管位于括约肌外，不受括约肌控制，常有粪便及气体排出。

2、疼痛，瘘管通畅无炎症时不感疼痛，只感觉局部发胀和不适，行走时加重。当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，可引起疼痛。发生内瘘时时常感到直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时感到疼痛。

3、瘙痒，由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉肛周瘙痒，潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。

4、排便不畅，复杂性肛瘘瘘口久不愈，可在肛门直肠周围形成大的纤维化瘢痕或环状的条索，影响肛门的舒张和闭合，患者大便时感到困难，有便意不尽的感觉。

5、全身症状，在急性炎症期和复杂性肛瘘反复性发作时，可出现不同程度的发热、或伴有消瘦、贫血、体虚等长期慢性消耗症状。