肛瘘的首要临床表现分为部分症状和全身症状。部分症状首要是肛周流脓、痛苦和瘙痒。肛门皮肤处的外口暂时闭合、引流不畅又构成新的小脓肿，此刻肛瘘首要表现是胀痛显着，不能端坐。关闭的外口再穿破，或在别处皮肤又构成新的外口，则以流脓血为主。由于分泌物重复刺激，使肛门周围皮肤湿润、瘙痒。

该病一般无显着全身症状，有时可表现为发热、寒战、乏力等。多由重复发生的外口被增生的皮肤掩盖构成假性愈合，引流不畅所造成的。

肛瘘不可能自愈，由于肛瘘不只有外口，还有一个坐落肛门直肠内壁的内口，脓性物质尽管经过外口排出体外，但原发病灶感染源依然存在。肠腔中各种排泄物进入瘘管后，重复感染构成长时间慢性炎症。

肛瘘的发病是“由内而外”的，病灶在于肛管直肠邻近，单纯抹药药力只能作用于肛门周围的皮肤，是达不到深层病灶的。表里用药亦很难奏效，唯有手术才是最有效最根本的治疗办法。

肛瘘虽不是什么大病，其治疗却非常复杂，患者切不可自行用药，有必要承受专业的治疗，假如得不到标准治疗，简单呈现久治不愈、重复发生的现象。