病史达10年或20年以上的、长期不做治疗的肛瘘，有时会发生癌变，尤其是在III型、IV型的深部肛瘘。肛瘘癌变的表现为：长期存在的深部复杂肛瘘，有胶体样的分泌物从外口或者内口中流出，术中在瘘管内有胶体样物潴留。遇到这种病例时，术中切开瘘管后，要取几处组织做病理切片检查。如为恶性，就施行Miles术。如为发展不很快的浸润性进展癌，则多伴有疼痛。