即原发性内口、继发性外口之间的主要管道。其形态、口径、走行的角度各有不同。临床上常根据其走行部位（如位于皮下或括约肌间隙等）作为临床肛瘘分型的重要指标。肛管前方肛腺感染所形成的瘘道通常在肛门前方的同侧，管道短浅且直；肛门后方的肛腺感染形成的瘘道，管道多弯向前方，较长，或浅或深。