从发生率上这应该是肛瘘复发的首因。由于高位肛瘘涉及肛直环，担心手术切开或挂线后导致便失禁，所以常常只切开齿线下的瘘管，深向直肠腔的瘘管未予处理。

有些手术方法目前还处于探索阶段，效果不确定，术后复发的可能性较大。

内口是肛瘘的感染源，肠腔的致病菌正是从内口进入肛周才引起肛周脓肿和肛瘘的，一般位于肛门内3～4cm处的直肠和肛管交界处。外口是感染病灶的破溃口，多数在肛缘外，也有少数在肛内。肛瘘手术的成败最重要的因素在于准确定位内口和充分切开内口。

盲目人为制造内口 挂线术是中医传统疗法，也是目前临床治疗肛瘘采用的最主要方法，但我们发现挂线术不仅存在痛苦大、愈合时间长、对肛门括约肌损伤重等缺点，还有相当高的复发率。

按照瘘管不同部位对治疗的重要性，将瘘管分为主灶和支管，主灶是由内口及与内口相连的肛管段瘘管，也是和肛门内外括约肌相伴而行的瘘管。

肛瘘手术时主灶切开重要，支管引流同样重要，如果在术中遗漏支管而没有处理，同样会造成手术失败，这种情况多发生于复杂性肛瘘和病程较长反复发作的肛瘘。

肛瘘治疗时不管是手术还是挂线，最终目的都是达到引流通畅，这样瘘管才会脱落，创口肉芽才会正常生长，皮肤才能顺利覆盖。瘘管过深，切口过小过短而又没有放置引流物，或行支管旷置术时方法不当，都会造成引流不畅，创口不愈合。