1、流脓恶臭：肛瘘反复感染，破溃流脓污染内裤，脓汁恶臭难闻，刺激肛周皮肤，天长日久可使患者身体虚弱，抵抗力下降，发作亦越频繁，形成互为因果。

2、瘘管、瘘口增加：肛瘘反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的生理功能。

3、肛门失禁：肛瘘反复发作，可对括约肌造成严重损伤，甚至出现肛门失禁等并发症。

4、癌变危险：肛门神经丰富，肛瘘反复发作危及周围脏器，患者痛苦大，有癌变的可能。