肛周脓肿的并发症主要是肛瘘，肛瘘一旦形成，自愈的机会极少，并带来一系列的危害。首先肛瘘感染发炎后，肛门疼痛剧烈，溃破后脓水污染内裤，脓液刺激局部皮肤，肛门瘙痒剧烈，久而久之可使身体虚弱消瘦。

如果肛瘘反反复复发展，可形成复杂性肛瘘，甚至引起直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器，并且多年未治或误治的老肛瘘有病变的可能。