真菌性食道炎的临床症状多不典型，部分病人可以无任何临床症状。常见症状是吞咽疼痛、吞咽困难、上腹不适、胸骨后疼痛和烧灼感。重者胸骨后呈刀割样绞痛，可放射至背部酷似心绞痛。念珠菌性食道炎可发生严重出血但不常见。北京德胜门胃肠医师吴斌儒表示未经治疗的病人可有上皮脱落、穿孔甚至播散性念珠菌病。食道穿孔可引起纵隔炎、食道气道瘘和食道狭窄。对持续高热的粒细胞减少病人应检查有无皮肤、肝脾、肺等播散性急性念珠菌病。