简单肛瘘

位置较低（表浅、低位括约肌间或低位经括约肌）、单一外口、无伴随疼痛或波动感提示存在脓肿、无直肠阴道瘘、直肠肛管狭窄等。简单性肛瘘愈合可能性较大。

复杂性肛瘘

位置较高（高位括约肌间或高位经括约肌、括约肌外、括约肌上）、可有多个外口、伴随疼痛或波动感提示脓肿存在、可伴有直肠阴道瘘、直肠肛管狭窄、直肠活动性炎症等。肛周脓肿不管病因如何，切开引流即可。但是脓肿常常持续蔓延而不引起症状直至最终穿透肛周、会阴、外生殖器或大腿的皮肤。肛瘘的治疗则较为棘手，与肛瘘的症状、位置、走形、复杂程度、有无直肠炎症等因素有关。建议同时使用内科药物治疗使炎症得到最大控制，可促进瘘管愈合。有症状的肛瘘也须外科治疗。