中医认为肛瘘由多食肥甘、辛辣、饮酒等产生湿热，湿热下注肛门，气血运行不畅，成痈成脓，溃破后遗留而成。现代医学认为肛瘘是肛周脓肿的后遗病变，是一个疾病的两个阶段。

由于自行溃破或认为切开排脓后，脓腔逐渐萎缩而形成肛门内外相通的瘘管。瘘管时间越长有可能变复杂，主要是由于外口会暂时闭合，当再次感染后，可能从瘘管的附近产生新的支管，形成复杂性肛瘘。

肛瘘不能自愈，唯一有效的治愈方法是手术，在临床上主张肛瘘已经确诊，越早手术越好，延误治疗不仅有可能会使肛瘘越来越复杂，而且肛瘘迁延日久还有可能发生恶变的可能。肛瘘手术治疗的目的在于彻底切除感染灶和上皮化的瘘管的同时，尽量减少肛门功能损伤。